Natura 2000 es compon de dos tipus d’espais: 
        Les zones especials de conservació (ZEC)
        Les zones d’especial protecció per a les aus (ZEPA) 
Les ZEC són designades pels estats membres d’acord amb la Directiva hàbitats (article 4.4). Prèviament a aquesta designació, però, cal que la Comissió, de conformitat amb els estats membres, classifiqui com a llocs d’importància comunitària (LIC) els espais proposats (article 4.2). 
Les ZEPA  són designades pels estats membres segons a l’article 4 de la Directiva de les aus. Totes les ZEPA designades fins al moment, i les que es puguin designar en un futur, passen a formar part de Natura 2000 automàticament. 
Mesures de conservació a adoptar en les ZEC i els LIC
La Directiva proposa una sèrie de mecanismes a desenvolupar en les ZEC i que busquen assolir l’objectiu esmentat: 
a) Elaboració d'un Pla de gestió (específic de l’espai o integrat en altres plans de desenvolupament) i de les mesures reglamentàries, contractuals i/o administratives necessàries per a les exigències ecològiques dels tipus d’hàbitats i espècies d’interès comunitari que hi ha en l’espai (article 6.1). b) Avaluació de les repercussions de plans i projectes que no tinguin relació directa amb la gestió de l’espai o que no són necessaris per a aquest, i que puguin afectar de forma apreciable, individualment o en combinació amb d’altres plans i projectes, l’espai i els seus objectius de conservació (article 6.3). 
c) Aplicació de mesures de conservació apropiades per evitar el deteriorament dels hàbitats i les espècies presents en l’espai (article 6.2). 
d) Vigilància de l'estat de conservació dels hàbitats i de les espècies, especialment en el cas de ser prioritàries (article 11). 
e) Elaboració dels informes esmentats en els articles 17.1 i 17.2 de la Directiva.